تختلف مصادر تلوث المياه، فمنها: المصادر الناتجة بشكل طبيعي من فضلات الكائنات الحية، ومنها ما تتسبب به بعض الأنشطة البشريّة، وهو الأكثر انتشاراً، مثل: مياه الصرف الصحي، والأسمدة الزراعية، والمبيدات الحشرية